الأصباغ الفلورية هي مركبات ذات هياكل خاصة ، وتشمل ميزاتها الهيكلية بشكل رئيسي النقاط الثلاث التالية:
(1) يحتوي الجزيء على مجموعة تنبعث منها الفلورسنت، مثل مجموعة الكربونيل، ورابطة مزدوجة النيتروجين النيتروجين، والسندات الكربونية النيتروجين مزدوجة، الخ.
(2) يحتوي الجزيء على مجموعات أوكسوكروم. مجموعة أوكسوكروم يجعل التحول الأحمر الطيف ويزيد من كفاءة الفلوريسين، مثل المجموعة الأمينية الأولية، المجموعة الأمينية الثانوية، مجموعة الهيدروكسيل، السندات الأثير، مجموعة أميد وهلم جرا.
(3) يحتوي الجزيء على روابط π متقارنة مع بنية ألواحية جامدة. كلما كان نظام المترافق داخل الغدد المولوية أكبر، كلما كانت التنمّة أقوى، كلما زادت كثافة الفلور. بعض العوامل التي يمكن أن تحسن درجة الاقتران يمكن أن تزيد من كفاءة الفلوريسنس وتحول الطول الموجي الفلوري إلى اتجاه الموجة الطويلة.
